追加周辺プログラム

　ここには、兵教大・小和田他の自作プログラム類を登録しています。プログラムの内容、その他お問い合わせは、各プログラムの作者に直接お願いします。

β版周辺プログラム（近日掲載予定：みなさんからのリクエストが多ければ掲載時期が早くなるかもしれません）

• contr3d　（兵庫教大・小和田）
  　波動関数・電子密度・ポテンシャルなどの３Ｄ等数値面表示のためのデータ作成プログラムです。基本的にはcontrと同じプログラムですが、３Ｄ用に拡張し、出力ファイル形式を変更しています。ただし、３Ｄ等数値面表示については、市販のプログラム類に任せてしまっていますので、表示のためには別途３Ｄ表示のできるプログラムを用意する必要があります。入力データはcd4、出力はcd1になります。出力は、指定した座標位置ごとの値が、電子密度、ρ0、差電子密度（ρ−ρ0)、ポテンシャル、波動関数の順にテキストで出力されますので、cd1は相当大きなファイルになります。（口述するMicroAVSなどでは、この形式のファイルは必要無いので、バイナリーで出せばかなり小さくなるはずです。）この形式のファイルは、noesys(旧spyglass)などで読めると思いますが、手元にないため試していません。MicroAVSなどを利用するためには、次のcontr3dconvを使って、Gaussianのcube形式のデータを作る必要があります。
  
  
• contr3dconv　（兵庫教大・小和田）
  　上記、contr3dの出力から、MicroAVSで読み込むことのできるGaussianのcube形式のファイルを作るためのプログラムです。
  
  
• contr3ddrho　（兵庫教大・小和田）
  　contr3dの差電子密度は、球対称な分布からのずれになっているため、初期条件の電子密度からの差を表示させるためのプログラムです。ただし、入力データとして、初期値から１度だけiterationした結果を用いて電子密度を計算したデータを用意する必要があります。
  
  
• dvtopdb　（兵庫教大・小和田）
  　f05ファイルからprotein data bank形式の分子模型用データを書き出すプログラムです。　この形式のファイルは、WebLabViewerやBabel、Chem3Dなどで読み込んで表示することができます。また、WebLabViewerやMolPovなどを介して、フリーのレイトレーシングソフト・Pov-Rayで分子模型を表示することもできます。
  
  
• pdb2f01　（兵庫教大・小和田）
  　上記dvtopdbの逆を行うプログラムで、pdb形式のファイルから、f01のファイルを書き出します。ただし、すべてのpdb形式に対応しているわけではありませんので、xyzの座標と原子番号がそのままf01に書き出される程度のものだと思ってください。　これを使えば、Chem3Dなどで分子模型を組み立てた後、f01ファイルを作ることが可能になります。
  
  
• 改良evjan法・ewald法など　→　阪大・水野さん、京大・牧野さん　よろしくお願いします。

• yksize
  計算用プログラムのサイズを変更するためのcshシェルスクリプトです。もちろん標準のcatsizeでサイズを変更できるのですが、「はじめての電子状態計算」のソースはcatsizeでi, j, x,y等のサイズを作ろうとするとエラーになることと、各変数名とサイズを対応づけて書いてありますので変更が簡単であるという利点があります。サイズは、catsizeにあわせてあります。使用方法は、yksize [n/s] [n, s, w, u, g, h, i, j, x, y] [full filename]です。ｇｚｉｐで圧縮されています。
  
• xpsout.f
  xps.fで出力された結果から、パソコン用・グラフソフトのための出力を得るためのプログラムです。エネルギーと、各成分の値、合計がテキストで出力されます。KareidaGraph, Excel, DeltaGraphなどで利用できます。ｇｚｉｐで圧縮されています。
  
• dosout.f
  dos.fについて、xpsoutと同じ内容のプログラムです。ｇｚｉｐで圧縮されています。
  
• contmac.f
  等高線作図プログラムcontr.fの出力から、Spyglass, DeltaGraph, Winzといった等高線を描くことのできるアプリケーション用のデ−タを出力するためのプログラムです。
  
• プロッター出力変換の手引き＋rd2hp.awk
  ＤＶ−Ｘα法のプログラムを用いると、結果の図はすべてプロッター用のグラフテックコマンドで出力されます。これをそのままプロッターで出力すれば、美しい図が得られますが、最近ではプロッターを持っておられる方は少ないように思います。そこで、このグラフテックコマンドをもう少し一般的なHP-GLコマンドに変換し、各種のグラフィック用ソフトで読み込む方法を記述したのが上記の「手引き」です。この際、一般的な文書成形ソフト"awk"を用います。変換のためのスクリプトがrd2hp.awkになります。手引きの中には、xpsout, dosoutを利用する方法も記述しています。また、rd2hp.awkはどのような機種であっても"awk"があれば利用できます。（ＷＳを含む）が、ファイルはマック上でStuffItで圧縮しております。詳しくは手引きをご覧ください。要望があれば、その他の圧縮形式でも登録する予定です。

yksizeとrd2hp.awkに関しては、著作権は兵教大・小和田善之にあります。また、xpsout、dosoutについては、ＤＶ−Ｘα協会により配布されるソースプログラムに手を加えた物です。（たぶん、一応の著作権は私にあると思います。）

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